امامزاده صالح: در محل ملامومن و پشت بقعه شیخ صفی الدین مسجد و مقبره امامزاده صالح یا اوغلان امامزاده سی قرار دارد. این بنا در زمان شاه عباس اول و در سال 1130 هجری قمری ساخته شده است. در جوار حرم اتاقی وجود دارد که مدفن دو مرجع دینی قدیمی است.

امامزاده سید ابراهیم(ع): مزار امامزاده سید ابراهیم(ع) در روستای چنارلق قرار دارد که جنوبی ترین روستای خلخال و تقریبا چسبیده به استان زنجان می باشد. این روستا در دل کوه های جنوبی استان اردبیل واقع شده است.

امامزاده سید محمد صالح(ع): بقعه مبارکه سید محمد صالح(ع) معروف به فاطمی در شهرستان خلخال در خیابان اصلی شهر واقع شده است. بنای امامزاده مستطیل شکل با دو منار و گنبد پیازی شکل می باشد.

امامزاده سید حسین(ع): زیارتگاه امامزاده سید حسین(ع) در مرکز شهر کلور در داخل پارک این شهر قرار گرفته است. یک بنای کوچک مربع شکل با نمای کاشی کاری و کتیبه های قرآنی که در قسمت ازاره این بنا سنگ نوشته های شهدا شهر کلور قرار دارد دفن شده اند.

امامزاده سید محمد(ع): مزار امامزاده سید محمد(ع) در مرکز روستای لرد یکی از روستاهای بخش امام رود واقع شده است.

امامزاده قاضیلر(ع): بقعه مبارکه قاضیلر در محله قاضیلر شهرستان خلخال واقع شده است. در این مکان مزار سه امامزاده دو برادر و یک خواهر به نام های سید احمد، سید صفی الدین و سیده ام کلثوم وجود دارد که از نوادگان امام جعفر صادق(ع) می باشد.

امامزاده کفش کوه(ع): امامزاده سید اسماعیل که بالای یکی از کوه های سمت ورودی دهستان کرین واقع شده است. بنای امامزاده در بالای کوه قرار دارد و دسترسی به آن بسیار مشکل می باشد.

امامزاده شیخ شرف الدین(ع): امامزاده شیخ شرف الدین در روستای کاوان از روستاهای بخش خورش رستم شمالی قرار دارد. بنای مزار شیخ شرف الدین مثل همه بناهای روستا گلی بوده که بعدها آن را با آجر و سنگ بازسازی نموده اند.

امامزاده سید محمد(ع): بنای امامزاده سید محمد(ع) در دهستان سر سبز لنبر از توابع بخش مرکزی خلخال واقع شده است.

امامزاده سید خلیل(ع): امامزاده سید خلیل(ع) در 5 کیلومتری روستای سفید آب، در روستای سجهرود از توابع بخش خورش رستم شهرستان خلخال واقع شده است. بنای امامزاده نیز خارج از روستا در پشت تپه ای در یک قبرستان قدیمی واقع شده است که برای رسیدن به بنای امامزاده باید از چند تپه گذشت.

امامزاده امیر نعمت الله(ع): این امامزاده در روستایی به نام آل هاشم و در قسمت جنوبی غربی شهرستان خلخال قرار دارد. بنای این امامزاده دارای یک گنبد گرد معمولی و دو مناره است.

امامزاده زاویه سادات(ع): امامزاده زاویه سادات در روستای زاویه سادات در قسمت جنوبی شهرستان خلخال قرار دارد. این امامزاده مربوط به سیدالیاس و سیدهاشم است که طبق روایت اهالی از فرزندان امام موسی بن جعفر(ع) می باشند. مقبره هر دو امامزاده در این بنا واقع شده است.

امامزاده سید محمد قریشی: بنای امامزاده سید محمد قریشی در مرکز شهر هشتجین جنب مسجد شهر واقع شده است. بنای قدیمی متعلق به دوران پهلوی و دارای یک گنبد و دو منار است. به گفته اهالی شهر این شیخ از قریش عربستان بوده و در اوایل ورود اسلام به سرزمین ایران از جانب اعراب برای تبلیغ اسلام به این شهر آمده است.

امامزاده سید ابراهیم(ع): بقعه امامزاده سید ابراهیم(ع) یکی دیگر از امامزاده های روستای کرین می باشد. خارج از روستا یعنی پایین جاده در بین دو کوه و داخل دره چهار دیوار خشتی با سقفی از تیرک چوبی و کاه گل در میان درختان و دره ای پوشیده از گل و سبزه قرار گرفته که مزار سید ابراهیم در این بنا واقع شده است.

 امامزاده سید نصرالدین(ع): امامزاده سید نصرالدین(ع) در روستای سوسهاب که شرقی ترین روستای بخش خوش رستم شمالی است واقع شده است. ساختمان این امامزاده سنگی و سقف آن از نوع شیروانی می باشد.

امامزاده سید اشرف(ع): امامزاده سید اشرف(ع) در روستای ارسون، بین راه هشتجین و خلخال قرار دارد. این امامزاده خارج از روستا و در کنار جاده قرار گرفته است. به گفته اهلی روستا این امامزاده از نوادگان امام موسی کاظم(ع) می باشد.

امامزاده پیر سلمان(ع): امامزاده پیر سلمان در مرکز شهرستان خلخال قرار دارد این امامزاده بین مردم شهر به نام "زنجیر لی امامزاده" معروف است. این بنا یکی از مهمترین امامزاده های شهرستان خلخال به شمار می رود.

امامزاده سید دانیال(ع): بقعه متبرکه امامزاده سید دانیال(ع) در روستای خانقاه سادات بالای تپه کم ارتفاعی واقع شده است. این روستا در 5 کیلومتری شمال شهرستان خلخال گرفته است. امامزاده سید دانیال از نوادگان امام موسی کاظم(ع) بوده است.

امامزاده سید ابوالقاسم(ع): امامزاده سید ابوالقاسم در روستای غفور آباد در قسمت شمال شرقی شهرستان خلخال قرار دارد. این امامزاده در خارج روستا و در قبرستان روستا واقع شده است که دور تا دور بنا را درختان بسیار زیبایی پوشانده اند. این امامزاده از نوادگاه امام موسی کاظم(ع) می باشد.

امامزاده سید اسماعیل(ع): بنای امامزاده سید اسماعیل(ع) در خارج از روستای زاویه کیوی در بالای یکی از کوه های غربی قرار گرفته و هیچ گونه راه مناسب دسترسی ندارد و رفت و آمد از این مسیر مقدور نمی باشد و به علت سختی راه مردم روستا قادر به رفت و آمد به امامزاده نمی باشند.

امامزاده قاسم(ع): زیارتگاه امامزاده قاسم بر سر جاده اصلی مسیر بین شهرستان خلخال و روستای خوجین در 2 کیلومتری خلخال قرار دارد. روستای خوجین در جنوب شرقی شهرستان خلخال قرار دارد که جاده اصلی خلخال امامرود از داخل این روستا می گذرد.

امامزاده ابراهیم(ع): امامزاده ابراهیم در مسیر جاده اصلی بین شهرستان خلخال و روستای خوجین قرار گرفته است. بنای اصلی امامزاده در دوران پهلوی تخریب شده و هم اکنون تنها یک پایه آجری ساده به ارتفاع یک متر در مسیر جاده اصلی قرار گرفته که زیارت نامه این امامزاده می باشد.

امامزاده سید محمد(ع): بقعه متبرکه امامزاده سید محمد(ع) که به روایت اهالی روستا از نوادگان امام موسی کاظم(ع) می باشد در روستای مجره بالا تپه داخل قبرستان روستا واقع شده است. این روستا در 10 کیلومتری شرقی شهرستان خلخال قرار گرفته است.

امامزاده آقا میر زمان(ع): روستای خمس در 12 کیلومتری شرق شهرستان خلخال قرار گرفته است. زیارتگاه امامزاده میر زمان در مرکز روستای خمس در بالای تپه و در داخل قبرستان این روستا واقع شده است.

امامزاده شاه عبدالعظیم(ع): زیارتگاه امامزاده شاه عبدالظیم(ع) در روستای اسکستان بخش لاهرود در شرق شهرستان خلخال قرار دارد.

امامزاده باقر(ع): زیارتگاه امامزاده باقر(ع) در محوطه قبرستان روستای اسکستان در قسمت ورودی روستا قرار گرفته که از شمال و شرق به بافت مسکونی و از جنوب به باغات روستا منتهی می شود. امامزاده باقر(ع) از نوادگان امام سجاد(ع) می باشد.

 امامزاده سید ابراهیم(ع) مشهور به خنده شاه: زیارتگاه امامزاده خنده شاه در روستای اسبو واقع در شرق شهرستان خلخال ما بین روستای درو و اسکستان قرار گرفته است. بنای این امامزاده بر سر جاده اصلی روی تپه واقع است و برای رسیدن به امامزاده باید از روی پل چوبی بر روی رودخانه امامرود گذشت.

امامزاده سید حمزه(ع): زیارتگاه امامزاده سید حمزه(ع) در روستای درو واقع شده است که در قسمت شرق شهرستان خلخال ما بین شهر کلور و روستای اسبو قرار گرفته است. زیارتگاه امامزاده سید حمزه در پایین تپه خارج از محدوده روستای درو در میان درختان بلند و سرسبز قرار گرفته که رودخانه کم آبی نیز از کنار این زیارتگاه می گذرد. این امامزاده از نوادگان امام موسی کاظم می باشد.

 امامزاده سید سلیمان: این آرامگاه در روستای فخرآباد مشگین شهر واقع شده است. نمای بیرونی بنا با سنگ های سیاه رنگ و آجرهای رگ چین تزیین شده است.

امامزاده سید ابراهیم خراسانی: مقبره امامزاده سید ابراهیم خراسانی از نوادگان امام رضا در شهر لاهرود واقع شده است. مردم بومی به وقوع معجزاتی در این امامزاده معتقدند.

امامزاده بابیان(ع): امامزاده بابیان در روستای بابیان در حدود 50 کیلومتری جنوب شرقی لاهرود قرار دارد. این روستا در دل کوه و با مسیر خاکی با فاصله زیادی از روستاهای اطراف یکی از روستاهایی است که هنوز بافت روستایی خود را حفظ کرده و دارای خانه های کاه گلی زیبایی می باشد.

امامزاده محسن(ع): امامزاده سید محسن در روستای نقدی اولیا در شرق شهر لاهرود و بعد از روستای فخر آباد واقع شده است. امامزاده سید محسن از نوادگان سید سلیمان است که نسب آن به امام جعفر صادق(ع) می رسد. ساختمان بقعه در کنار جاده اصلی ورودی روستا و در میان قبرستان روستا واقع شده است.

امام زادگان احمد و محبت(ع): بنای امامزاده احمد و امامزاده محبت(ع) روستای النی در 5 کیلومتری شمال شرقی مشگین شهر واقع شده است. این بنا یک بنای کاملا مخروبه در قبرستان قدیمی روستاست. قدمت بنا به حدود 300 سال پیش می رسد.

امامزاده سید جعفر: امامزاده سید جعفر در انتهای یکی از کوچه های بن بست روستای انار در دل باغ سرسبزی جای دارد. همچنین قبرستان روستا و مزار شهدا نیز در داخل باغ قرار گرفته است. از این امامزاده به عنوان مسجد روستا نیز استفاده می شود.

امامزاده سید عمادالدین(ع): امامزاده سید عمادالدین در محدوده قبرستان مرکزی روستای رحیم بیگ لو در 2 کیلومتری شهر رضی، در پای تپه ای واقع شده است.

امامزاده سید سلیمان(ع): این امامزاده در دهستان قره سو، در بخش مشگین شرقی و در 22 کیلومتری شرق شهرستان مشگین شهر واقع گشته است. مقبره سید سلیمان دارای گنبد و مسجد است. سید سلیمان فرزند بلافصل امام موسی کاظم می باشد. در این مقبره تعدادی ظروف بسیار قدیمی منحصر به فرد و چندین کتاب خطی نفیس نگهداری می شود که می توان به نسخه های دست نویس شاهنامه فردوسی اشاره نمود.

امامزاده عبدالله(ع): زیارتگاه جدیدالاحداث امامزاده عبدالله(ع) شهر کلور در خارج از محدوده شهر در داخل پارک تفریحی قرار گرفته است. این زیارتگاه مابین دو کوه بلند و باغات میوه و در کنار رودخانه شاهرود و چندین چشمه زار طبیعی واقع شده است.

امامزاده سید محمد(ع): زیارتگاه امامزاده سید محمد(ع) در شهر کلور شهرستان خلخال قرار دارد. این زیارتگاه در بالای تپه ای مشرف به شهر واقع شده است و بنای این امامزاده کاملا ساده و آجری است.

امامزاده ابوالقاسم(ع): دهستان شال در 35 کیلومتری جنوب شرقی شهرستان خلخال واقع است. فضای اطراف این دهستان پر از باغ های میوه و گل می باشد. این امامزاده در محله ای به نام کیسان در بلندی تپه ای، داخل باغ سرسبز و پوشیده از گل و گیاه جای دارد.

امامزاده شاه محمود(ع): امامزاده شاه محمود(ع) در قسمت مرکزی دهستان شال از توابع بخش کلور شهرستان خلخال در بلندی واقع شده است. سقف این بنا از نوع شیروانی و نمای اصلی بنا رو به دهستان است.

امامزاده خضر(ع): امامزاده خضر در محله سنگ بر دهستان شال قرار دارد. این امامزاده در جنوبی ترین قسمت دهستان شال واقع شده است که قسمت جنوبی آن مشرف به یک دره می باشد. بنا به گفته اهالی روستا امامزاده خضر از نوادگان امام موسی کاظم(ع) می باشد.

امامزاده عین علی(ع): روستای گیلوان که در بخش لاهرود شهرستان خلخال واقع شده است از زیباترین و سرسبزترین روستاهای این منطقه به شمار می رود. مزار مقدس امامزاده عین علی(ع) در دل باغات سیب و گردو و گیلاس و در بالای تپه ای در خانقاه گیلوان قرار گرفته است. بنای امامزاده در محوطه قبرستان روستا قرار گرفته و مسجد نیز در کنار امامزاده است.

امامزاده سید صفی الدین(ع) و سید شهاب الدین(ع): امامزاده سید صفی الدین(ع) و سید شهاب الدین(ع) در روستای طهارم دشت واقع در جنوب غربی دهستان شال در جنوب شرقی شهرستان خلخال و بخش لاهرود واقع شده است. این امامزادگان به روایت اهالی محل از نوادگان امام موسی کاظم(ع) می باشند.

امامزاده عقیل بن محمد: بنای امامزاده عقیل بن محمد(ع) در روستای کهل از روستاهای بخش شاهرود شهرستان خلخال می باشد. این امامزاده در تپه های مشرف به روستا واقع شده است.

امامزاده سید: امامزاده سید در روستای احمد آباد واقع در جنوب شرقی بخش شاهرود در جنوب شرقی شهرستان خلخال قرار دارد. روستای احمد آباد در دل یک دره سرسبز قرار گرفته و رفت و آمد به این روستا بسیار دشوار می باشد. به همین دلیل اهالی این روستا ارتباط زیادی با روستاها و شهرهای اطراف ندارند.

امامزاده سید شمس الدین(ع): امامزاده سید شمس الدین در روستای چمولوگبین در جنوب روستای احمدآباد از روستاهای بخش شاهرود واقع شده است. این روستا با یک راه خاکی صعب العبور از نزدیک ترین آبادی اطراف حدود 50 کیلومتر فاصله دارد که در این جاده رفت آمد با ماشین به سختی ممکن است.